La Fiscalía General de la República abrió una investigación para determinar si la Fiscalía de Chihuahua incurrió en irregularidades y posibles invasiones de competencia federal durante un operativo realizado en Morelos, donde participaron agentes de la CIA. La FGR recordó que los delitos relacionados con delincuencia organizada y laboratorios clandestinos son atribuciones exclusivas de la Federación, por lo que las entidades no pueden coordinar acciones operativas con gobiernos extranjeros sin autorización.
La dependencia detectó anomalías como la falta de entrega formal de la cadena de custodia y de los indicios asegurados en el lugar. Además, señaló que el sitio continúa bajo resguardo federal mientras se realiza el proceso de destrucción y traslado de sustancias. El caso ha generado controversia debido a versiones contradictorias emitidas por autoridades estatales y a la renuncia del fiscal César Jáuregui, quien dejó el cargo para no interferir en las investigaciones.